По данным, которые содержатся в проекте государственного доклада «О состоянии и об охране окружающей среды России в 2017 году», вода в реке Вычегда в большинстве створов верхнего, среднего и нижнего течений оценивалась как «загрязненная». Характерными загрязняющими веществами для Вычегды являются органические вещества (по химическому потреблению кислорода), соединения железа, марганца и алюминия.
В долинах рек Вычегда, Мезень активно развиваются гравитационно-эрозионные процессы (то же и в районе Тиманского кряжа).
По данным государственного мониторинга состояния недр, региональные изменения гидродинамического состояния подземных вод в районах их наиболее интенсивной эксплуатации отмечались в том числе и в Печоро-Предуральском предгорном артезианском бассейне.
В деревне Усть-Воя (в 10 километрах западнее этого населенного пункта) в результате подтягивания некондиционных природных вод было зарегистрировано загрязнение подземных вод загрязняющими веществами первого класса опасности (мышьяк). Такая же ситуация была рядом с Вуктылом (в 42-х километрах южнее города), но с еще большей интенсивностью загрязнений.
